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案例研究:通过代谢组学优化生长培养基

Case Study: Optimising Growth Media via Metabolomics

David Bell |

生产培养肉的成本很高,其中生长培养基是最大的成本驱动因素。代谢组学,即对细胞代谢的详细分析,用精确的数据取代了猜测,以优化培养基成分。这种方法可以识别营养缺乏,跟踪细胞如何利用资源,并突出阻碍生长的废物积累。

关键发现:

  • 在2019年的一项研究中,通过优化鸡成纤维细胞的培养基,细胞密度提高了40.72%。
  • 代谢组学工具确定了细胞高效生长所需的关键营养素,如葡萄糖、氨基酸和与能量相关的化合物。
  • 调整营养水平(e.g. 、肌酸、肌苷-5'-单磷酸)改善了细胞增殖,同时减少了废物。

用于促进培养肉类培养基优化的废弃培养基分析 - Ted O'Neill - ISCCM9

初始生长培养基问题

研究团队在原始培养基配方上遇到了重大障碍,针对C2C12肌肉细胞。标准的DMEM/F12 培养基根本无法维持大规模培养肉生产所需的细胞密度或产量。细胞消耗营养物质的速度远快于培养基的补充速度,导致关键成分的早期耗尽和生物质增长不佳。为了解决这些问题,团队转向数据驱动的优化策略。

原始配方中的营养缺乏

对废弃培养基的分析揭示了一些明显的营养短缺。葡萄糖和特定氨基酸的消耗速度过快,难以持续。为了生产仅1公斤的C2C12肌肉细胞,细胞需要1,100–1,500克的葡萄糖250–275克的氨基酸 [2]. 其中,谷氨酰胺、甘氨酸和胱氨酸的需求特别高,这限制了细胞的生长和增殖。

代谢谱还揭示了营养物质处理中的低效。例如,与能量相关的代谢物如肌酸和肌苷-5'-单磷酸被下调,而参与膜合成的代谢物如磷酸乙醇胺和胆碱被上调[3]. 这种转变表明细胞优先考虑即时能量消耗而非能量储存。即使营养物质可用,其比例也远非高效生物质生产的最佳状态。这种不平衡清楚地表明需要一种更精确和分析的方法。

为什么选择代谢组学

传统的试错方法可能需要数月的测试才能找出这些特定问题。相反,团队选择了代谢组学, 这是一种能够以惊人精度识别和测量消耗培养基中代谢物的技术。此方法在单次分析中提供了细胞代谢的详细快照[2].

"使用含血清培养基进行的代谢研究的先前数据可能无法直接转化为无血清系统。" – ScienceDirect[2]

代谢组学在检测微妙的生化变化方面被证明是无价的,尤其是在团队努力开发无血清配方时。虽然标准的生长评估 - 如细胞计数或活力测试 - 只能提供表面层次的见解,但代谢组学揭示了细胞更深层次的代谢需求。这使团队能够基于实际数据而非假设来优化培养基成分,为更有针对性和更有效的改进铺平了道路。

代谢组学分析结果

Metabolite Changes and Nutrient Optimization in Cultivated Meat Production

培养肉生产中的代谢物变化和营养优化

细胞培养期间的代谢物变化

详细的代谢组学分析识别出在猪肌肉干细胞培养过程中出现显著变化的七种关键代谢物。2024年4月,由郑斗妍领导的团队在首尔国立大学确定了γ-谷氨酰-L-亮氨酸、胞嘧啶和酮亮氨酸作为识别细胞状态不佳的关键生物标志物[5] . 这三种代谢物的AUC达到1.0,显示出在预测细胞增殖下降方面的完美准确性[5].

研究还发现了细胞内能量管理的变化。磷酸乙醇胺和胆碱等代谢物显著上调,反映了快速细胞分裂期间对膜合成的高度需求[6]. 另一方面,肌酸和肌苷-5′-单磷酸下调,表明从能量储存转向即时能量消耗[6]. 这些发现为进一步研究代谢途径提供了坚实的基础。

代谢途径分析

途径分析显示三个关键系统的活动增加:β-丙氨酸代谢、组氨酸代谢和嘌呤代谢[5][6]. 这些途径中的每一个都发挥着重要作用——分别是蛋白质合成、pH缓冲和DNA/RNA生产。在这些途径中,组氨酸途径尤为突出,在增殖和分化阶段均表现出一致的活性。这表明它可能是原始培养基配方中的限制因素。[6].

嘌呤代谢途径提供了额外的见解。核苷酸相关化合物的显著消耗表明细胞使用这些构建块的速度快于培养基的补充速度。这一点在后期传代中废物代谢物如胞嘧啶的积累得到进一步支持,与细胞生长减少相吻合。[5].

代谢物比较表

代谢物名称 倍数变化 p值 VIP分数 状态
γ‑谷氨酰‑L‑亮氨酸 > 1.5 < 0.05 > 1.5 上调(在次优细胞中积累) [5]
胞嘧啶 > 1.5 < 0.05 > 1.5 上调(在次优细胞中积累) [5]
酮亮氨酸 > 1.5 < 0.05 > 1.5 上调(在次优细胞中积累) [5]
磷酸乙醇胺 > 2.0 < 0.01 > 1.0 上调(支持膜合成) [6]
胆碱 > 2.0 < 0.01 > 1.0 上调(细胞信号传导所必需) [6]
肌酸 < 0.5 < 0.01 > 1.0 下调(能量耗尽) [6]
肌苷-5′-单磷酸 < 0.5 < 0.05 > 1.0 下调(用于细胞分裂) [6]

生长培养基调整

营养浓度的变化

首尔国立大学的研究人员在丁延正的带领下,使用代谢组学分析来微调培养肉生产的生长培养基。通过检查消耗的培养基,他们识别出在培养过程中哪些营养物质被消耗殆尽,哪些废物正在积累[5]. 这使他们能够调整营养水平以更好地满足细胞需求。

团队专注于三个主要因素:细胞快速消耗的营养物质、表明代谢压力的废物产品以及成分成本(旨在替换昂贵的成分而不牺牲性能)[7]. 例如,根据细胞生长阶段调整L-丙氨酸水平,同时增加肌酸和肌苷-5′-单磷酸以支持从能量储存到直接能量使用的转变。

“监测培养基中这些关键代谢物的水平可以作为培养肉生产的质量控制措施,通过间接检测次优PSC。" - Doo Yeon Jung, 研究员,首尔国立大学 [5]

磷酸乙醇胺水平被提高以帮助细胞分裂期间的膜合成,同时细胞嘧啶浓度被仔细监控以避免过度积累 [5][6]. 这些调整旨在创造一种代谢平衡,使营养物质有效转化为生物质,减少浪费并改善饲料转化率 [7].

下表突出显示了对营养浓度所做的关键更改及其对细胞生长的影响。

前后对比

营养素 初始浓度 优化浓度 利用率 对细胞生长的影响
肌酸 低/无 增加 支持能量储存;与传统肉类特性一致[6]
肌苷-5′-单磷酸 增加 增强核苷酸代谢和能量生产[6]
L-丙氨酸 标准 调整(阶段依赖) 可变指示干细胞增殖能力 [5]
胞嘧啶 标准 增加/监测 在快速细胞分裂期间对核酸合成至关重要 [5]
磷酸乙醇胺 增加 促进膜合成和细胞结构完整性 [6]

这些改进解决了特定的代谢挑战,特别是在嘌呤、组氨酸和鞘脂代谢中 [6]. 通过调整营养素的供应以匹配细胞的消耗,团队减少了浪费,并在多个生长周期中实现了更一致的细胞增殖。

结果:改进的培养性能

细胞生长和生物量改善

代谢组学方法在细胞性能上带来了明显的提升。2025年德克萨斯A&M大学的一项研究通过测试两种无血清配方来强调这一点:LM7(化学定义)和LM8(化学未定义,含有绿豆蛋白分离物)。令人印象深刻的是,LM8配方的性能与20% FBS相当——在肌肉细胞培养中这是一个罕见的成就 [8]. 这标志着一个重大进步,因为大多数无血清培养基甚至难以达到10% FBS的性能。

进一步使用C2C12细胞的研究表明,优化营养比例不仅减少了浪费,还提高了生物质转化率[2] [7]. 在羔羊、C2C12和猪肌肉细胞研究中观察到了类似的好处,展示了这种代谢组学驱动的培养基优化的广泛适用性。

在3D微载体系统中验证了这些发现的扩展,其中LM8在使用CellBIND微载体的摇瓶系统中表现出优越的性能[8]. 此外,2024年4月对猪肌肉干细胞的研究发现,传代2(PSC2)的细胞具有最高的生长率。相比之下,传代3(PSC3)的细胞显示出肌源性标记基因的显著丢失,使PSC2成为扩展生产的可靠质量控制基准[5]. 这些进步不仅证实了代谢组学方法的有效性,还为显著的成本节约打开了大门。

生产规模和成本效益

这些改进转化为可观的成本降低。由于培养基成本通常占生产费用的60%以上,去除高成本的动物成分并优化营养输送产生了显著影响[8].

除了成本之外,这些进步还加强了培养肉的环境承诺。预计到2050年全球肉类需求将增长约70%[8], 与传统畜牧业相比,培养肉提供了一种减少土地和水资源使用高达90%的方式[8]. 通过确保营养物质有效地用于生物质生产,代谢组学方法有助于保持这种环境优势,同时避免由代谢效率低下引起的浪费。

如何Cellbase支持培养基优化

Cellbase

基于代谢组学的培养基优化需要专业的工具和材料,这可能难以采购。 Cellbase作为专门为培养肉行业量身定制的B2B市场,简化了代谢组学工作流程的采购过程[4]. 这些工作流程依赖于精确的工具来进行前面讨论的详细分析,而 Cellbase 帮助研究人员高效获取这些资源。

平台将其产品分类以满足特定需求:

  • 生长培养基&补充剂: 提供高质量的无血清配方。
  • 实验室设备 & 仪器: 提供用于代谢组学工具和消耗培养基分析的分析设备。
  • 传感器 & 监测: 提供工具以跟踪营养物质利用率,这一点至关重要,因为生产1公斤C2C12细胞大约消耗250–275克氨基酸和1,100–1,500克葡萄糖 [2].

与众不同的是其专注于培养肉生产。这确保了所有可用工具都经过验证可用于无血清系统,其中营养物质的使用模式与含血清培养基中的显著不同 [2]. 该平台还通过透明的定价和简化的结账流程简化了采购,减少了行政负担 [4] .

除了提供设备, Cellbase还提供专业的技术支持。通过其“问我们任何问题”服务,研究人员可以咨询“细胞农业专家”以获得关于优化挑战的指导[4]. 这在过渡到无血清培养基或选择工具监测代谢变化时特别有用。

结论

代谢组学在优化培养肉生产的生长培养基中起着关键作用。通过找出代谢瓶颈和营养缺口,研究人员可以进行有针对性的调整,从而显著提高细胞性能。例如,华东理工大学的一项研究展示了比较代谢组学分析如何显著提高细胞密度和病毒产量[1].

利用代谢组学的见解,废弃培养基分析超越了猜测。这种精确性使科学家能够创造出最大化细胞增殖的培养基配方,同时减少浪费和成本。

这些优势涵盖了生产的各个方面。代谢组学通过γ-谷氨酰-L-亮氨酸和酮亮氨酸等生物标志物帮助质量控制[5]. 它还促进了从昂贵的、不明确的血清基配方向经济实惠的无血清选项的过渡——这对于扩大生产规模至关重要。正如Good Food Institute:

“细胞培养基目前是培养肉生产中最大的成本和环境影响驱动因素”[7].

这些进步强调了数据驱动的培养基优化在转变该领域中的潜力。

常见问题

在生长培养基优化中,代谢组学是什么?

代谢组学通过分析用于培养肉生产的细胞的代谢谱,在优化生长培养基中起着关键作用。通过了解这些细胞如何利用营养物质及其代谢途径,研究人员可以设计出更高效且成本效益更高的无血清培养基,专门满足培养肉生产的需求。

哪些代谢物是生长不良的最佳早期指标?

与培养肉生长不良相关的关键代谢物包括γ-谷氨酰-L-亮氨酸, 胞嘧啶, 和酮亮氨酸. 这些生物标志物作为表现不佳的原代细胞的指标,并突出可能影响细胞增殖的代谢变化。

如何利用消耗的培养基数据来降低媒体成本?

消耗的培养基分析在降低培养肉生产成本方面起着关键作用。通过确定营养成分的消耗或过剩情况,它有助于优化培养基配方以提高效率。光谱技术等工具可以实现实时监测,减少浪费并防止昂贵成分的过度使用。此外,代谢组学提供了有价值的见解,可以支持培养基的回收或再利用,从而进一步降低费用。这种有针对性的方法确保资源得到明智使用,同时仍然支持强健、高质量的细胞生长。

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Author David Bell

About the Author

David Bell is the founder of Cultigen Group (parent of Cellbase) and contributing author on all the latest news. With over 25 years in business, founding & exiting several technology startups, he started Cultigen Group in anticipation of the coming regulatory approvals needed for this industry to blossom.

David has been a vegan since 2012 and so finds the space fascinating and fitting to be involved in... "It's exciting to envisage a future in which anyone can eat meat, whilst maintaining the morals around animal cruelty which first shifted my focus all those years ago"